W każdej chwili możemy zdecydować się na trwałe odszyfrowanie dysku systemowego. W każdej chwili, czyli nie tylko wtedy, kiedy system jest włączony, ale również, gdy jest włączony program ładujący TrueCrypta. Jeżeli program ładujący nie uruchamia się, pozostaje jeszcze jedna możliwość – włożenie do napędu Dysku ratunkowego.

Warto pilnować, żeby nie zgubić tej płytki, jeśli jednak taka sytuacja zajdzie, a my zgubiliśmy wygenerowane lustro płyty (czyli plik, który nagraliśmy na płytę), można wygenerować go jeszcze raz, a następnie nagrać i zweryfikować. Oczywiście nie można tego uczynić spod innego komputera, ponieważ nie będą się wówczas zgadzały klucze.

Proces odszyfrowywania najłatwiej przeprowadzić, wybierając z okna głównego TrueCrypta System => Trwale odszyfruj Partycję/Dysk systemowy. Pojawi się wówczas pierwszy

i drugi monit potwierdzający decyzję deszyfrowania partycji systemowej.

Rozpocznie się proces dekodowania. Dopóki nie ulegnie zakończeniu w każdej chwili można go zatrzymać wybierając Przerwa => Wstrzymaj

i potwierdzając powyższy monit,

a następnie odwrócić, wybierając System => Szyfruj Partycję/Dysk systemowy (jak na samym początku szyfrowania, lub wznowić, ponownie klikając na System => Trwale odszyfruj Partycję/Dysk systemowy. W międzyczasie można normalnie pracować na komputerze, nawet, jeśli zatrzymamy proces i zostawimy szyfrowanie/deszyfrowanie na później.

Nieco inaczej wygląda deszyfrowanie z poziomu programu ładującego – należy jednak podkreślić, że ten sposób jest ostatecznością.

Po wyświetleniu się programu ładującego, należy wybrać na klawiaturze Esc – wyświetlą się opcje naprawy.

Jeśli deszyfrowanie partycji zostało wcześniej rozpoczęte, jedyną dostępną opcją będzie kontynuowanie tej czynności – po naciśnięciu przycisku 1.

Na ekranie pojawi się informacja, że ten sposób deszyfracji powinien zostać wybrany tylko i wyłącznie, jeśli nie da się uruchomić systemu operacyjnego. Jeśli tylko jest to możliwe, odszyfrowywanie należy przeprowadzić spod Windowsa.

Jeśli jednak zdecydujemy się na deszyfrowanie w tym momencie (wybierając y - "yes"), zostaniemy poproszeni o podanie hasła

po podaniu którego rozpocznie się deszyfrowanie.

Jeszcze jednym powodem, dla którego deszyfrowanie powinno odbywać się po uruchomieniu systemu operacyjnego jest jego prędkośc – zdjęcia ekranu zostały zrobione z 30-sekundowym odstępem czasu, w którym zostało odszyfrowane niecałe 70MB danych. W Windowsie deszyfrowanie takiej ilości danych trwało niecałe 2 sekundy, czyli ponad 15x szybciej.

Zawsze po ponownym włączeniu Windowsa, jeśli operacja deszyfrowania nie została doprowadzona do końca, pojawi się pytanie, czy kontynuować proces.

Całkowite zakończenie procesu zakończy się wyświetleniem stosownego komunikatu. W tym momencie niemożliwe jest już odwrócenie tego procesu. Tym samym nieprzydatny staje się już również Dysk ratunkowy – ponowne szyfrowanie partycji systemowej wiąże się bowiem z koniecznością generowania nowych kluczy.